Sin embargo, en diciembre del mismo año, falleció la madre de Rowling, tras una batalla de diez años con la esclerosis múltiple. Rowling comentó «Estaba escribiendo Harry Potter en el momento en que mi madre murió. Jamás pude hablarle sobre Harry Potter». Rowling dijo que este fallecimiento afectó profundamente su trabajo como escritora, y que incluyó muchos más detalles acerca de la pérdida de Harry en el primer libro, porque sabía cómo se sentía.
Rowling luego se mudó a Oporto, Portugal para enseñar inglés como un idioma extranjero. Estando allí, el 16 de octubre de 1992, contrajo matrimonio con el periodista portugués Jorge Arantes. Su hija, Jessica Isabel Rowling Arantes (nombrada de esta forma por Jessica Mitford), nació el 27 de julio de 1993 en Portugal. La pareja se separó en noviembre del mismo año. En diciembre de 1994, Rowling y su hija se mudaron para estar más cerca de su hermana a Edimburgo, Escocia. Durante este periodo Rowling sufrió de depresión clínica, y contempló el suicidio.Fue el sentimiento de su enfermedad el que le dio la idea de los Dementores, las criaturas sin alma que aparecen en Harry Potter.
Sin empleo y viviendo de los beneficios que le otorgaba el Estado, Rowling completó su primera novela escribiendo en varios cafés, especialmente el Nicolson, cada vez que lograba que Jessica se durmiese. En una entrevista de la BBC de 2001, Rowling negó el rumor de que escribía en cafés locales para escapar de su departamento sin calefacción, señalando: «No soy tan estúpida como para alquilar un departamento sin calefacción en Edimburgo en pleno invierno. Tenía calefacción». En lugar de ello, declaró en el programa televisivo de Estados Unidos A&E Biography que una de las razones por la cual escribía en cafés era debido a que llevar a pasear a su bebé era la mejor manera de hacerla dormir.
